Euskal Erkidego Autonomoko hiru hiriburuek bezala, Irunen ere geldituko da Euskal Y-a eta geltoki intermodala izango du. Sustapen Ministerioarekin 2006ko apirilean sinatutako akordioaren arabera, Eusko Jaurlaritzako Garraio eta Herri Lan Sailak egingo ditu geltokia atontzeko lanak ETS (Euskal Trenbide Sarea) elkartearen bidez.

Trenbidea Bidasoa ibairaino eraikiko da eta Hendaiatik Parisera joango den abiadura handiko sarearekin lotu ahal izango da. Izan ere, euskal trenbide sare berria lehentasunezko proiektua (Project Prioritaire nº3) da Europan, Batasunaren arabera, eta kontinenteko gainerako herriekin trenbidez lotzeko aukera emango digu.

Bestalde, Abiadura Handiko Trenaren azpiegiturak eragin txikia izango du ingurugiroan eta paisaian. Trenbidearen zatirik handiena tuneletatik igaroko da eta, agerian geratuko den zatian beharrezkoak diren neurriak hartuko dituzte.

Horrez gain, eraikuntza-lanak egiten dituzten bitartean, Eusko Jaurlaritzako Garraio eta Herri Lan Sailak herriko udalarekin lan egingo du horien eragin negatiboak ahalik eta gehien murrizteko.