La nueva red ferroviaria de Euskadi discurrirá por los tres territorios de la Comunidad Autónoma bajo criterios de funcionalidad, calidad, ahorro energético, sostenibilidad y respeto al medio ambiente. El trazado de la Y vasca responde a las necesidades de movilidad de personas y mercancías mediante la utilización de vías comunes que optimizan al máximo la ocupación de espacio.

El diseño del trazado de la nueva red ferroviaria vasca incorpora elementos innovadores en la construcción de este tipo de infraestructuras, especialmente en la reducción de su impacto ambiental. Además, su realización supondrá la aplicación, por primera vez, del ancho de vía internacional (1.435 mm) en el sistema ferroviario vasco.

De esta manera, el tren de alta velocidad será "invisible" en tres quintas partes del trazado (más del 60%), ya que discurrirá en túnel. En total, se construirán 80 túneles. Los viaductos, 71 en total, ocuparán casi el 10% del trazado y el resto, el 29%, será a cielo abierto.